Różnica między anafazą 1 a anafazą 2 polega na oddzieleniu różnych typów chromosomów. W mitochondriach 1 anafazy (tych samych) oddzielone są od każdej strony komórki i centromeru jest cały. W Anaphase 2 siostrzane chromatydy oddzielają się, a centromer jest dzielony, co powoduje, że chromatydy się oddzielają.
W anafazie 1, chromosomy homologiczne poruszają się na przeciwległych biegunach, a chromatydy siostrzane pozostają przywiązane. Istnieją inne zmiany: mikrotubule kinetochorowe (wrzeciona) skracają się, aby przyciągnąć chromosomy w kierunku biegunów. Tworzy to dwa haploidalne zestawy, co oznacza, że każdy zestaw ma 23 chromosomy lub 46 całkowite, liczbę zwykle znajdowaną u ludzi. Każdy chromosom ma dwie chromatydy, które poruszają się oddzielnie w anafazie 2.
W anafazie 2 centromery są odcinane w środku, co umożliwia mikrotubulom przyłączenie się do kinetochorów, które odrywają siostrzane chromatydy. Centromery są centralną częścią chromatyd siostrzanych, które trzymają je razem, często reprezentowane przez kropkę lub okrąg. Kiedy to jest uszkodzone, dwa oddzielne. Siostrzane chromatydy są teraz nazywane chromosomami siostrzanymi, gdy poruszają się w kierunku przeciwnych biegunów i nie są już razem. W tym czasie komórka jest prawie gotowa do całkowitego rozdzielenia na komórki potomne, co daje cztery ogólne komórki potomne do końca mejozy 2.
