W przypadku próżni różnią się funkcje między organizmami, a nawet w obrębie tej samej komórki, ale najczęstszym zastosowaniem jest magazynowanie wody lub składników odżywczych. W przypadku wakuoli jest to organellina z błoną o ogólnym zastosowaniu, która jest wypełnione czymkolwiek, co komórka musi oddzielić od reszty cytoplazmy. Jako takie, różne wakuole przechowują również odpady, a nawet toksyny, a niektóre organizmy mają inne zastosowania.
Według City University of New York, komórki roślinne są szczególnie zależne od ich wakuoli, w szczególności dużej centralnej wakuoli. Ta duża wakuola, która często zajmuje znaczną większość objętości komórki, jest wypełniona głównie wodą, ale także odpadami i innymi substancjami. Niezwykłą rzeczą w tej wakuoli jest jednak jej strukturalna rola. W komórkach roślinnych brakuje cytoszkieletu na bazie białka, który pomaga komórkom zwierzęcym zachować kształty. Zamiast tego używają ciśnienia napełnionych centralnych pęcherzyków przeciw ich wytrzymałym ścianom komórkowym, aby utrzymać ich kształt, w sposób analogiczny do balonika Mylar.
Ponieważ wakuola jest w rzeczywistości ogólnym określeniem dla wydrążonego, związanego z błoną organelli, nazwa ta odnosi się również do raczej różnych organelli znanych jako kurczowe wakuole. Występują one w wielu jednokomórkowych organizmach i pomagają utrzymać równowagę wodną poprzez fizyczne pompowanie nadmiaru wody z wnętrza komórki.
