Pigmenty w roślinach są wytwarzane i przechowywane w organellach zwanych plastydami. Najbardziej powszechnym plastydem jest chloroplast, czyli zielone organelle z zielonym pigmentem chlorofilowym. Chlorofil jest najważniejszym pigmentem do fotosyntezy.
Pigmenty to specjalne związki, które odzwierciedlają pewien kolor światła. W przypadku większości roślin zielonych najczęściej występuje chlorofil, który odbija światło zielone. Jednak rośliny mają inne pigmenty, które są wykorzystywane do innych celów niż fotosynteza, jak wygląd. Na przykład wiele kwiatów i owoców roślin ma chromoplasty, które różnią się kolorem. Papryka zawiera chromoplasty, które zmieniają się z upływem czasu, aby wskazać, jak dojrzały jest owoc.