Chlorowodór jest cząsteczką polarną, ponieważ zawiera polarne, kowalencyjne wiązanie między atomem wodoru i chlorem. Daje to wodom częściowy ładunek dodatni, a chlor jest częściowym ładunkiem ujemnym.
Chlorowodór powstaje, gdy jeden z elektronów walencyjnych z chloru i elektronu wodoru jest dzielony między dwa atomy, tworząc wiązanie kowalencyjne. Elektrony w wiązaniu kowalencyjnym nie są równo dzielone pomiędzy dwoma atomami. Dzieje się tak dlatego, że chlor jest bardziej elektroujemny i przyciąga związane elektrony bliżej niego. Pozostawia to wodór z częściowym dodatnim ładunkiem, a chlor z częściowym ładunkiem ujemnym, czyniąc cząsteczkę polarną.
