Naturalny ekosystem to ekosystem, który zachodzi tak, jak gdyby istniał bez wpływu ludzi. Termin "ekosystem" odnosi się do wszystkich roślin, zwierząt, grzybów, pierwotniaków, bakterii i innych organizmów żyjących w tym samym obszarze. Wszystkie te odrębne gatunki mają bardzo połączone życie i pod wieloma względami funkcjonują jako jedna jednostka.
Przykładami naturalnych ekosystemów są dziewicze lasy deszczowe, pustynie i dno oceanu, znane również jako bezdenna równina. Te ekosystemy w dużej mierze unikały rąk ludzkich, pozwalając im przetrwać w historycznie naturalnym stanie. Jednak, podobnie jak wszystkie ekosystemy, te dziewicze siedliska ewoluują i zmieniają się w czasie, niezależnie od tego, czy zamieszkują je ludzie.
Wiele siedlisk jest w dużej mierze naturalnych, ale niektóre ludzkie odciski palców. Na przykład odległe lasy we wschodnich Stanach Zjednoczonych były rejestrowane około 100 do 200 lat temu, ale w dużej mierze powracają do pierwotnej, nietkniętej formy. Wiele siedlisk łąkowych na Środkowym Zachodzie uległo podobnemu zniszczeniu i odnowie.
Niektóre siedliska, takie jak wysypiska śmieci lub obszary podmiejskie, stanowią przeciwieństwo naturalnego środowiska. Zamiast być nietkniętym przez ludzi, tego typu siedliska istnieją tylko dlatego, że ludzie je stworzyli. Niemniej jednak nadal funkcjonują one jako pojedyncze jednostki, gdy są postrzegane w kontekście ekologicznym.
