Funkcjonalna adaptacja jest strukturą lub zachowaniem, które powstały kiedyś w ewolucyjnej historii gatunku, aby pomóc przetrwać temu gatunkowi lub jego przodkom. Na przykład wodoodporny skorupka jajka, to funkcjonalna adaptacja, która pojawiła się wśród gadów w odpowiedzi na potrzebę złożenia jajek w suchych, osuszających środowiskach, w których wysuszałyby się przepuszczalne skorupki.
Funkcjonalne adaptacje stanowią sedno ewolucji. Struktury, które zwiększają szanse przeżycia dla organizmu, są silnie faworyzowane przez dobór naturalny, dlatego pojawiają się w coraz większej liczbie z pokolenia na pokolenie do momentu, gdy cecha ustabilizuje się i każdy członek populacji je posiada. Czasami adaptacje funkcjonalne powodują przejście z jednej funkcji do drugiej. Przykładem tego są pióra. Pióra powstały podczas mezozoiku jako forma izolacji dla niektórych gatunków dinozaurów. Funkcjonowały one jako izolacja u tych gatunków. Z czasem zmieniono kształt niektórych piór, aby umożliwić lot między przodkami współczesnych ptaków. Pióra w ten sposób nabrały nowej funkcji podczas ewolucji ptaków.
Pewne funkcjonalne adaptacje mogą stracić swoją funkcję. Te szczątkowe adaptacje nie zawsze są bezużyteczne. Ludzka kość ogonowa lub kość ogonowa są przykładem szczątkowej adaptacji. Wciąż służy jako punkt przywiązania dla mięśni, ale uważa się, że ma znacznie zmniejszone funkcje od form przodków.
