Ważne jest, aby właściwie wyważyć wirówkę, ponieważ niezrównoważona maszyna może uszkodzić wirnik, spowodować katastrofalne uszkodzenie samej maszyny, a nawet zranić lub zabić personel laboratoryjny pracujący w pomieszczeniu. Wyważenie wirówki polega na rozkładaniu ciężaru próbek na całym rotorze.
Gdy jest parzysta liczba próbek, wirówka może być zrównoważona przez podzielenie całkowitej liczby rur na pół i umieszczenie dwóch zestawów w rotorze bezpośrednio naprzeciwko siebie, aby utworzyć równą liczbę rur z każdej strony. Na przykład zbiór ośmiu próbek jest zrównoważony przez umieszczenie czterech z rzędu po każdej stronie.
W przypadku nieparzystej liczby próbek można użyć rury równoważącej zawierającej ciecz o takiej samej objętości i gęstości jak próbki badane, aby uzyskać parzystą liczbę probówek. Alternatywnie, nieparzysta liczba rurek może być ustawiona przy użyciu algorytmicznego wzoru opartego na określonej liczbie probówek i liczbie dostępnych szczelin w wirówce wirówki. Na przykład w 12-szczelinowym rotorze równowagę można uzyskać umieszczając trzy probówki w trójkątnym wzorze, pozostawiając trzy puste szczeliny między każdym wypełnionym szczeliną.
