Białka mają złożone struktury, które są podyktowane przez łańcuchy boczne aminokwasów. Natura łańcuchów bocznych może się zmieniać, gdy zmienia się pH ich otoczenia, co może wpłynąć na całą strukturę białka i sprawić, że będzie nieaktywny.
Wszystkie enzymy są białkami, a ich funkcja zależy od struktury enzymu. Struktura białka jest podyktowana trzema poziomami. Pierwotna struktura odnosi się do sekwencji aminokwasów. Struktura drugorzędowa obejmuje lokalne fałdy, które tworzą helisy alfa lub arkusze beta. Struktura trzeciorzędowa jest utworzona przez połączenie struktur drugorzędowych. Struktury drugo- i trzeciorzędowe są tworzone przez wiązania między łańcuchami bocznymi aminokwasów. Enzymy mają specyficzne miejsce, zwane aktywnym miejscem, które wiąże się z substratem, z którym reagują, w celu wywołania fizjologicznej zmiany w komórce. Jeśli struktura aktywnego miejsca ulegnie zmianie, enzym może zostać dezaktywowany. Zmiana pH środowiska enzymu może zmienić naturę łańcuchów bocznych enzymu i wiązań, które tworzą. Prowadzi to do innej struktury niż aktywna forma enzymu. Większość enzymów i białek wykazuje działanie w neutralnym pH. Istnieją pewne enzymy, które działają przy niższym pH, takie jak te znajdujące się w żołądku. W takich przypadkach zmiana pH na neutralne pH powoduje ich dezaktywację.
