Aparat Golgiego zbiera proste substancje chemiczne w komórce i składa je w duże, złożone struktury, takie jak białka. Odgrywa również rolę w procesie prostego wydzielania chemicznego poprzez tworzenie zamkniętych pęcherzyków wokół substancji do transportu. Pęcherzyki te następnie odrywają się od aparatu Golgiego i dryfują do błony komórkowej komórki, gdzie transportowana substancja jest uwalniana z komórki.
Aparat Golgiego, znany również jako kompleks lub ciało Golgiego, pełni istotną rolę przesiewania fragmentów różnych makrocząsteczek w procesie syntezy przez szorstką retikulum endoplazmatyczną. Gromadzi te składniki razem, przechowuje niektóre komponenty i przenosi je dalej wzdłuż swojej długości w celu dalszej syntezy przed ich ostatecznym uwolnieniem. Po złożeniu makromolekuł aparat Golgiego może przechowywać je do momentu użycia lub natychmiast je uwolnić w celu wydzielenia przez błonę komórkową.
Pęcherzyki transportowe uwolnione przez aparat Golgiego nie przechodzą przez błonę plazmatyczną komórki. Zamiast tego, łączą się one z membraną, otwierając się w ten sposób i po prostu eksponują ich zawartość do krwioobiegu. Ta metoda transportu komórkowego jest bardzo wydajna i po początkowym oddzieleniu od kompleksu nie wymaga spożycia trifosforanu adenozyny lub ATP.