Grzyby żyją w glebie, na podłogach leśnych, w wodzie, a nawet w roślinach, zwierzętach i powietrzu. Grzyby rosną praktycznie w każdym obszarze planety - zajmują tropikalne biomy, a także umiarkowane strefy. Grzyby mają różne przystosowania do klimatu i warunków, w których żyją: niektóre są bardziej porowate i nadają się do życia w lasach deszczowych i na terenach bagiennych, podczas gdy inne mają twarde pokrycia zewnętrzne, podobne do koralowców, co pozwala im żyć na dnie oceanu .
Glebowe grzyby występują w ekosystemach na całym świecie; gdziekolwiek jest ziemia, będą rosnąć. Grzyby te polegają na glebie i glebach, w których rosną, aby zapewnić im niezbędne witaminy i składniki odżywcze. Grzyby wodne często rosną w pobliżu gatunków roślin towarzyszących. W tym przypadku roślina i grzyb tworzą wzajemnie korzystny związek, w którym roślina dostarcza grzybom pokarm z rozłożonej materii organicznej, a grzyby dostarczają roślinie wodę i składniki odżywcze. Grzyby wodne zamieszkują słonowodne i słodkowodne akweny wodne; w zależności od miejsca zamieszkania, mają wiele szczególnych cech, które radzą sobie z życiem w ich otoczeniu. Zarodniki tych grzybów, podobnie jak grzyby rosnące w powietrzu, rozpraszają się i regenerują, gdy są przenoszone przez wiatr.