Grzyby mogą żyć w różnych siedliskach, które są sklasyfikowane jako morskie lub lądowe: w glebie, w wodzie oraz na roślinach i zwierzętach. Dowody wskazują, że niektóre grzyby ewoluowały blisko partnerem rośliny lub zwierzęcia, aby rozwinąć produktywny związek symbiotyczny. Grzyby, w tym drożdże, grzyby i pleśnie, są klasyfikowane oddzielnie od roślin, zwierząt i bakterii.
Grzyby działają jako rozkładacze i są w stanie rozkładać nawet toksyczne substancje. Gdy grzyby przyjmują składniki odżywcze z organizmu, który wciąż żyje, grzyby można uznać za pasożyty. Ponieważ grzyby są tak niezwykle elastyczne, świetnie się rozwijają w bardzo różnych środowiskach na całym świecie. Niektóre grzyby żyją na pustyniach, inne w hydrotermalnych otworach głęboko pod powierzchnią oceanu. Grzyby mikoryzowe występują w glebie i pozyskują składniki odżywcze z korzeni roślin lub pozostałości rozkładających się roślin. Inne grzyby znalezione w glebie (znane jako ruderale) zbierają składniki odżywcze z wody deszczowej. Niektóre grzyby, takie jak pleśnie, najlepiej rozwijają się w ciemnych, wilgotnych miejscach i mogą być stałym czynnikiem drażniącym ludzi (szczególnie w formach takich jak czarna pleśń). Z drugiej strony grzyby, które w rzeczywistości są owocem niektórych rodzajów grzybów, mogą być smacznym dodatkiem do posiłku.
