Wszystkie patogenne bakterie z definicji żyją wewnątrz ludzkiego ciała, ponieważ jest to metoda, dzięki której powodują chorobę. Patogen to wszystko, co wywołuje chorobę u gospodarza; bez gospodarza choroba nie jest możliwa, ponieważ choroba jest wzorcem szkodliwej aktywności w gospodarzu.
Duże ilości bakterii żyją w ludzkim ciele. Większość z nich jest nieszkodliwa, niektóre są korzystne, a niektóre są chorobotwórcze. Wszystkie trzy grupy często żyją w tych samych lokalizacjach cielesnych. Na przykład ludzki przewód pokarmowy jest szczególnie bogaty w bakterie, w tym gatunki, które są zwykle uważane za chorobotwórcze, takie jak E. coli.
Nie wszystkie szczepy E. coli powodują zatrucie pokarmowe, a w rzeczywistości większość z nich jest nieszkodliwa. Dopiero gdy ciało traci równowagę z powodu przewlekłego stanu, takiego jak niedożywienie, patogenne bakterie są w stanie uzyskać przyczółek i pokonać nieszkodliwe lub pożyteczne bakterie w tych obszarach ciała. W innych przypadkach bakterie chorobotwórcze celowo atakują części ciała, które są normalnie wolne od bakterii, tak jak w przypadku bakteryjnego zapalenia opon mózgowych.
Bakterie w ogólności są niezwykle odporną i szeroką grupą organizmów. Żyją w niemal każdym możliwym środowisku i są wszechobecne w systemach wodnych i glebie na całej Ziemi. Bakterie chorobotwórcze nie zawsze są wyraźnie oddzielone od innych, niepatogennych grup bakterii, z wyjątkiem tego, że powodują choroby i szkody u gospodarzy. Bakterie chorobotwórcze niosą geny wirulencji, ale czasami patogeny i niepatogenne są blisko spokrewnione, zachowują się w ten sam sposób i żyją w tych samych środowiskach. Na przykład bakterie, które powodują cholery różnią się od nieszkodliwych szczepów, niosąc kilka genów, które pozwalają bakteriom wytwarzać niebezpieczną toksynę.
