Eubakterie i archaebakterie mają szeroką gamę kształtów. Jednak te typy komórek nie mają organelli związanych z błoną, nie organizują swojego DNA w jądro, i są zawarte w chronionych błonach komórkowych przez ściany komórkowe. Oba mają stosunkowo prostą budowę, więc większość ich różnic ma charakter chemiczny, a nie strukturalny. Ogólnie rzecz biorąc, archaebakterie mają podobieństwo do eukariontów, których brakuje w eubakterii, ale mają też naprawdę unikalne cechy.
W porównaniu do archebakterii, eubakterie są niezwykle różnorodne i rozpowszechnione, ale mają tylko trzy główne kształty komórek. Są albo kuliste, mają kształt krótkich prętów, albo są długie i kręte. Ten podstawowy kształt jest dużą częścią klasyfikacji eubakterii. Z drugiej strony, archaebakterie nie są klasyfikowane według kształtu, ale są typem ekstremofila. Archaebakterie żyją w wrogich środowiskach, w których ani eubakterie, ani eukarionty nie mogą przetrwać. Są klasyfikowani jako producenci metanu, specjaliści od ekstremalnych temperatur lub specjaliści od ekstremalnych zasolenia.
Częścią tego, co sprawia, że archaebakterie przeżywają w tak ekstremalnych warunkach, są ich unikalne błony komórkowe. Podczas gdy wszystkie eubakterie i eukarioty mają podwójne błony fosfolipidowe jako błonę komórkową, archaebakterie mają rozgałęzione łańcuchy węglowodorowe z eterowymi linkami do glicerolu na ich błonach. Ten unikalny rodzaj membrany jest bardziej stabilny niż w innych formach życia i pozwala im wytrzymać ekstremalne warunki.
