Koncepcja gatunku morfologicznego grupuje gatunki według podobieństwa morfologicznego i ignoruje inne różnice, takie jak DNA lub niezdolność do reprodukcji między osobnikami. Koncepcja gatunku morfologicznego wynika z morfologii, która jest badaniem aspekty organizmu i ich rozmieszczenie.
Morfologia jest zasadniczo badaniem struktury części organizmów. Morfolodzy skupiają się na zrozumieniu rozmieszczenia części, w tym zewnętrznych cech fizycznych, a także narządów wewnętrznych, układów i struktur kostnych. W przeciwieństwie do fizjologii, która koncentruje się na funkcji części organizmu, morfologia dąży jedynie do zrozumienia i klasyfikacji części i ich rozmieszczenia w różnych organizmach. Gatunek morfologiczny jest klasyfikowany wyłącznie na podstawie morfologii lub struktury. Zgodnie z koncepcją morfologiczną gatunku, morfolog użyłby wielkości, kształtu, koloru i struktury jednego organizmu i porównałby go z innym w celu określenia jego gatunku. Chociaż prawdą jest, że zmienność wśród blisko spokrewnionych organizmów jest mniejsza niż w organizmach daleko spokrewnionych, koncepcja gatunku morfologicznego ignoruje niektóre ważne aspekty rozwoju organizmu używane do klasyfikacji gatunków. Niektóre gatunki są podobne strukturalnie, ale są odrębnymi genetycznie istotami. Te stworzenia są określane jako gatunki tajemnicze. Podążając jedynie za koncepcją morfologicznych gatunków, istoty te zostałyby sklasyfikowane jako pojedynczy gatunek pomimo ogromnych różnic genetycznych. Jednak prawie wszyscy naukowcy używają pewnej ilości morfologii w klasyfikowaniu i rozróżnianiu gatunków, ponieważ ich fizyczna forma i struktura są kluczowymi składnikami rozumnych organizmów.
