Geometria cząsteczkowa IF5, znana również jako pentafluorku jodu, jest piramidą o kwadratowej podstawie otaczającej centralny atom jodu. Każdy z narożników piramidy jest atomem fluoru.
Kąt pomiędzy każdym z wiązań w cząsteczce wynosi 90 stopni dla czterech atomów fluoru tworzących podstawę piramidy, a 180 stopni dla pojedynczego atomu fluoru stanowiącego punkt piramidy. Dwuwymiarowa struktura pięciofluorku jodu jest zapisana jako centralny atom jodu otoczony pięcioma atomami fluorku w kształcie gwiazdy przypominającym gwiazdkę, ale jest to dla wygody i nie odpowiada prawdziwemu kształtowi cząsteczki lub kątów wiązania .
Pięciofluorek bromu ma kształt bardzo podobny do pentafluorku jodu.
