Eubacteria to ogromne, różnorodne królestwo prokariotycznych drobnoustrojów, które obejmują chlamydie, E. coli i cyjanobakterie. Organizmy eubakteryjne służą do produkcji sera i wina. Mogą powodować poważne infekcje u ludzi, a czasami, podobnie jak w przypadku flory jelitowej człowieka, szybko zmieniają się z pomocnych w szkodliwe.
Eubakterie są prokariotami. Oznacza to, że członkowie tego królestwa, tak dużego i różnorodnego jak królestwa roślin i zwierząt, pozbawieni są jądra komórkowego i generują energię bez symbiotycznych związków, które definiują eukarioty.
Cyanobakterie, rodzaj eubakterii, należą do najwcześniejszych form życia, które pojawiły się w zapisie kopalnym. Stromatofory kolonialne budowały na Ziemi duże kopce, zwane stromatolitami, 3 i pół miliarda lat temu. Te niebieskozielone algi, jak się często nazywa, były pierwszymi głównymi producentami tlenu na Ziemi i pozostają kluczowe dla utrzymania równowagi w ziemskiej atmosferze. Niektóre cyjanobakterie wiążą azot bezpośrednio z powietrzem, wzbogacając glebę i pozwalając roślinom dobrze się rozwijać.
Szkodliwe eubakterie istnieją jako pasożyty. Chlamydie i krętki odpowiedzialne za kiłę są dwoma przykładami niszczycielskich eubakterii. E. coli to prawdopodobnie inny szkodliwy bakcyl. Gatunek ten zazwyczaj przebywa w jelicie, gdzie wspomaga trawienie, ale w niektórych przypadkach może stać się niebezpieczny. Odporne na wankomycynę E. coli to powszechna infekcja występująca na oddziałach szpitalnych.
