Główną różnicą między zooplanktonem i fitoplanktonem jest to, że fitoplankton ma zdolność wytwarzania własnej żywności poprzez fotosyntezę lub chemosyntezę. Zooplanktony nie są w stanie wytwarzać własnego pożywienia. Zooplanktony to planktony zwierzęce, a fitoplanktony to planktony zdolne do przeprowadzenia fotosyntezy.
Planktony są ogólnie określane jako "pływające", organizmy dryfujące w środowisku wodnym. Są one zasadniczo podzielone na dwie grupy: zooplankton i fitoplankton. Obie grupy są identyfikowane przez swoją niszę ekologiczną u podstaw łańcucha pokarmowego. Większość planktonów (fitoplanktonu i zooplanktonu) to organizmy jednokomórkowe. Fitoplanktony są najniższymi producentami oceanów, podczas gdy zooplanktony są najniższymi konsumentami oceanu. Fitoplanktony również odgrywają ważną rolę na lądzie. Wytwarzają ponad 50 procent zasobów tlenu na Ziemi.
Fitoplanktony znajdują się w regionach, w których energia potrzebna jest do fotosyntezy lub chemosyntezy. To ogranicza ich do strefy światła, obszaru oceanu, gdzie światło może przeniknąć, i do podwodnych otworów. Zooplanktony nie są ograniczone do zewnętrznego nieorganicznego źródła energii. W przeciwieństwie do fitoplanktonów, które są ograniczone do głębokości około 800 stóp, zooplanktony nie mają ograniczeń głębokości, ale muszą znajdować się w pobliżu źródła pokarmu.
