Sekwencja Shine-Dalgarno jest specyficznym, bogatym w purynę układem nukleotydów w prokariotycznym mRNA, którego celem jest translacja RNA do małej podjednostki rybosomalnej. Ta sekwencja jest wymagana do wiązania rybosomu i syntezy białek w komórkach prokariotycznych. Jest również znany jako miejsce wiązania rybosomu.
Sekwencja Shine-Dalgarno znajduje się powyżej miejsca, gdzie następuje translacja mRNA na białka, w regionie nieulegającym translacji 5 'lub 5' UTR. Istnieje wiele układów nukleotydów, które mogą kierować prokariotyczne mRNA do rybosomów w celu translacji i liczne sekwencje Shine-Dalgarno zostały opisane przez naukowców. Zazwyczaj sekwencja jest widoczna w około ośmiu do 10 kodonów powyżej kodonu start AUG, który sygnalizuje początek prokariotycznej translacji mRNA. Pomimo istnienia wielu sekwencji Shine-Dalgarno, wszystkie mają wspólną sekwencję sześciu nukleotydów w określonej kolejności: AGGAGG.
Wprowadzenie mutacji do sekwencji Shine-Dalgarno może mieć różne skutki w zależności od rodzaju mutacji i jej lokalizacji. Mutacja sekwencji może zwiększyć szybkość tłumaczenia, zmniejszyć szybkość lub nie mieć wpływu.
Sekwencja Shine-Dalgarno została po raz pierwszy opisana przez australijskich naukowców Johna Shine'a i Lynn Dalgarno. Ta sekwencja została również zaobserwowana w archaea.
