Neutralny atom zawierający 12 protonów jest pierwiastkiem magnezu. Jeśli atom miałby ładunek dodatni lub ujemny, nadal byłby pierwiastkiem magnezu; jednak zostałby sklasyfikowany jako jon.
Protony określają elementarną tożsamość atomu. Jeśli ktoś usunie lub doda protony do atomu, zmienia tożsamość. Na przykład, jeśli usunie się proton z atomu magnezu, wówczas będzie to atom sodu. Liczba protonów w atomie pierwiastka jest wyświetlana w górnym lewym rogu komórek w większości okresowych tabel; nazywa się to liczbą atomową. Protony są naładowane dodatnio. Pozostałe główne części atomu to ujemnie naładowane elektrony i nienaładowane neutrony. Atomy z mniejszą lub większą liczbą elektronów niż liczba atomowa są odpowiednio naładowane dodatnio i ujemnie. Atomy o różnej liczbie neutronów nazywane są "izotopami".
