Głównym powodem, dla którego naukowcy i uczniowie wybarwiają komórki cebuli, jest ułatwienie rozpoznawania różnych struktur i organelli. W praktyce większość komórek jest traktowana plamami lub barwnikami, aby nadać im większy kontrast i poprawić zdolność badacza do wizualizacji kluczowych funkcji. Stosuje się kilka różnych plam i barwników, w tym eozynę, jod i safraninę.
Cebula i jej komórki składowe są zasadniczo bezbarwne. Jeśli są one oglądane mikroskopowo bez żadnych barwników lub plam, trudno jest zwizualizować części komórek. Jednak po wybarwieniu staje się widocznych wiele różnych struktur komórki. Różne typy plam są używane, aby pomóc zdefiniować różne części komórki. Na przykład atrament z długopisem doskonale nadaje się do barwienia jądra komórek cebuli. Tetratlenek osmu to czarna plama stosowana w celu zwiększenia kontrastu lipidów. Fiolet krystaliczny jest plamą używaną w połączeniu z substancją chemiczną zwaną zaprawą do barwienia ścian komórek komórek roślinnych.
Wiele plam i barwników jest szkodliwych, więc muszą być używane tylko na martwych komórkach. Jedynym wyjątkiem jest czerwony toluilen, który można stosować na żywych komórkach. Bismark brown to kolejna plama, którą można stosować na żywych komórkach.
