Siedlisko pterodaktyli było brzegiem Europy i Afryki Południowej. Pterodaktyl wędrował po niebie w okresie jurajskim, około 150 milionów lat temu. W tym czasie jego siedliskiem wzdłuż wybrzeży Europy i Południowej Afryki były mokradła, bagna i bagna.
Tereny podmokłe stanowiły doskonałe środowisko do zachowania skamieniałości pterodaktyli. Jego ciało zostało zakopane w błocie, które stwardniało przez miliony lat w postaci stałego wapienia. Skamieliny tego gada pojawiły się najpierw w Bawarii w Niemczech.
Pomimo wyraźnego wyglądu dinozaura pterodaktyla, jego długiego dzioba wypełnionego ponad 90 bardzo ostrymi zębami i skórzanymi skrzydłami, nie jest on uważany za dinozaura, ale za pterozaura. Był to mały gad o rozpiętości skrzydeł od 3 do 5 stóp i ważył do 10 funtów. Jego nazwa pochodzi od greckiego słowa "palec skrzydłowy", ponieważ jego długie, czwarte palce znajdują się na końcach skrzydeł. Pierwsze skamieniałości pterodaktylowe odkryto w 1784 r. W Niemczech i stanowiły problematyczne odkrycie, ponieważ naukowcy nie rozumieli ewolucji lub wyginięcia w tym czasie.
Pterodaktyl często mylony jest z pteranodonem, który był znacznie większy przy rozpiętości skrzydeł do 18 stóp.