Królestwo Monera zawiera bakterie i cyjanobakterie. Systemy klasyfikacji zmieniają się, gdy technologie takie jak sekwencjonowanie DNA dostarczają nowych informacji o związku między organizmami. Trójdomenowy system składający się z Bakterii, Archaea i Eukaryi wyparł system pięciu królestw, a Monera jest przestarzała.
Jeden funkcjonalny system klasyfikacji dzieli organizmy według typów ich komórek, a nie ich genomów. Bakterie należą do prokariontów, wyróżnia je brak jądra i zamkniętych w błonie organelli w ich komórkach. Większość organizmów prokariotycznych to organizmy jednokomórkowe widoczne tylko pod mikroskopem. Eukarioty obejmują protisty, grzyby, rośliny i zwierzęta. Archaea są prokariotami, które mają pewne cechy charakterystyczne dla eukariontów, w tym podobnych genów.
