Wszystkie komórki eukariotyczne mają jądro, a ich organelle są zamknięte w błonach. Mają także błonę plazmatyczną, która jest warstwą fosfolipidów otaczającą całą komórkę i mają wewnętrzny cytoszkielet .
W porównaniu do komórek prokariotycznych, komórki eukariotyczne są co najmniej 10 razy większe. Ich cytoplazma składa się zarówno z rybosomów, jak i cystolu. Chronione przez błonę plazmatyczną, mają również ochronę dla każdego organellum w postaci pojedynczych membran. Membrana plazmowa jest miejscem dla funkcji sygnalizacji i transportu dla całej komórki.
W komórkach eukariotycznych system endomembrany jest siecią materiałów do wymiany membran. Lizosomy, retikulum endoplazmatyczne i aparat Golgiego są częścią tego większego systemu. Komórki eukariotyczne mają również pozakomórkową matrycę złożoną z glikoprotein i białek, które inne komórki wydzielają. Ta macierz znajduje się w wielu różnych komórkach zwierzęcych.
Komórki eukariotyczne poruszają się w funkcji wici lub rzęsek, w zależności od rodzaju eukariota. Flagella to ogony na jednym końcu celi, które biczują w jedną i drugą stronę, napędzając celę w jednym kierunku. Rzęski są krótsze i liczniejsze, a wszystkie one biją wspólnie, aby napędzić komórkę w jednym konkretnym kierunku.
