Organizmy blisko spokrewnione często mają podobne struktury w swoich ciałach, pomimo ich odmiennego stylu życia. Najprostszym wytłumaczeniem takich podobieństw jest to, że oba gatunki wywodzą się od wspólnego przodka o podobnych cechach. Czasami jest to weryfikowane przez zapis kopalny.
Anatomiczne podobieństwa między różnymi grupami organizmów, z których niektóre żyją w różnych środowiskach od innych, silnie wspierają teorię wspólnego pochodzenia. Delfiny, na przykład, żyją jak duże drapieżne ryby, ale ich podobieństwo do ryb jest powierzchowne. Podobnie jak wszystkie ssaki łożyskowe, delfiny mają płuca i proste szczęki i gestykulują swoje młode wewnętrznie. Najprostszym wytłumaczeniem tych podobieństw z psami, kotami i naczelnymi jest to, że delfiny są bardziej spokrewnione z innymi ssakami, niż z rybami, wśród których żyją. Innym przykładem analogicznej anatomii dla gatunków jest czworonóg. Podstawową formą tej struktury jest pojedyncza długa kość przymocowana do ramienia na jednym końcu i łokieć z drugiej. Poniżej łokcia dwa mniejsze kości sięgają do nadgarstka, który kończy się małymi kośćmi dla palców rąk i nóg. Struktura ta jest powszechna wśród ssaków, ptaków, gadów i płazów, ale nie jest znana wśród bezkręgowców. Najbardziej oszczędnym wyjaśnieniem tego faktu jest to, że wszystkie czworonożne potomstwo pochodziło od zwierząt o podobnych kończynach, ale owady tego nie zrobiły.
