Eubakterie dzielą się na cztery podstawowe kategorie: bakterie Gram-dodatnie, proteobakterie, cyjanobakterie i krętki. Eubakterie są znacznie powszechniejsze niż archaebakterie, które są blisko spokrewnionymi członkami prokariotycznego podziału. Eubacteria żyje w wielu regionach na całym świecie, w tym w najbardziej ekstremalnych i niegościnnych środowiskach.
Wiele eubakterii można odróżnić tylko na najbardziej złożonym poziomie komórkowym. Gram-dodatnie bakterie są identyfikowane i klasyfikowane w oparciu o technikę nazywaną barwieniem gramowym. Ta metoda obejmuje wykrywanie objętości peptydoglikanu, który istnieje w ścianach komórkowych tych organizmów. Jeśli ta substancja jest obecna, specjalne barwniki przekazują tę informację naukowcom, którzy mogą następnie zaklasyfikować organizm jako gram-dodatni. Te bakterie są złośliwe, ale nie śmiertelne. U ludzi wywołują one choroby takie jak paciorkowce i infekcje dróg oddechowych. Proteobakterie obejmują najbardziej rozpowszechnione i aktywne eubakterie. Jednym z rodzajów proteobakterii są bakterie jelitowe, które obejmują gatunek E. coli. Ta grupa bakterii obejmuje organizmy, które wiążą azot, przekształcając gaz w substancje, które są następnie wykorzystywane do tworzenia aminokwasów i kwasów nukleinowych. Cyanobakterie obejmują organizmy wytwarzające tlen i poddawane fotosyntezie. Bakterie te są powszechnie określane jako niebiesko-zielone algi i pojawiają się w jeziorach, strumieniach i innych zbiornikach wodnych. Wreszcie, krętki to eubakterie w kształcie spirali, które istnieją w postaciach tlenowych i beztlenowych.
