Etapy specjacji to izolacja reprodukcyjna i zmiany genetyczne. W wielu przypadkach izolacja reprodukcyjna zachodzi przed zmianami genetycznymi, ale mogą one również występować jednocześnie. W obu przypadkach specjacja powoduje pojawienie się nowego gatunku, który nie może się rozmnażać z gatunkami pochodzenia.
Istnieją trzy rodzaje specjacji: specjacja allopatryczna, specjacja parapatyczna i specjacja sympatryczna. Specjacja allopatyczna występuje wtedy, gdy bariery geograficzne oddzielają populację. W tym przypadku obie grupy nie mogą krzyżować się, ponieważ nie są w kontakcie, a każda z nich przechodzi przez zmiany genetyczne, które czynią je niekompatybilnymi z innymi subpopulacjami.
Specjacja parapatryczna występuje nie z powodu geograficznej izolacji subpopulacji, ale z powodu zmiany zachowania w subpopulacji, tak że wypełnia ona inną niszę ekologiczną. Jednym z przykładów jest mała grupa specjalizująca się w innych gatunkach ofiar niż większa populacja. Może to prowadzić do ewolucyjnych zmian izolacyjnych, które tworzą nowy gatunek.
Specjacja sympatryczna to przypadek, w którym subpopulacja podlega zmianie genetycznej w tym samym czasie, w którym zostaje ona wyizolowana w sposób reprodukcyjny. W tym przypadku subpopulacja może zajmować tę samą niszę, w tym samym miejscu, co pierwotna populacja. Jednym z przykładów jest gatunek trawy solnej, która pochodzi z krzyżówki pomiędzy amerykańską trawą solną a europejską trawą solną, ale jest niekompatybilna z żadnym z gatunków rodzicielskich.
