Bakterie występujące w wodzie z kranu to cryptosporidium, legionella pneumophila, wrotki, widłonogi i Escherichia coli, powszechnie znane jako E. coli. Wrotki i widłonogi powszechnie występują w wodzie pitnej i mogą rosnąć na tyle duże, by można je było zobaczyć ludzkim okiem, ale rzadko są one szkodliwe dla ludzi. E. coli może legalnie istnieć w maksymalnie 5 procentach próbek wody pitnej, zgodnie ze standardami Agencji Ochrony Środowiska.
Legionella pneumophila, bakteria powodująca chorobę Legionistów, występuje naturalnie w wodzie, ale często jest zwalczana przez filtrację i techniki uzdatniania wody. Tylko w rzadkich przypadkach legionella pojawia się w wodzie pitnej. W 2015 r. Wybuchła epidemia w Nowym Jorku z powodu skażonej wody, która zainfekowała 127 osób i zabiła 12 osób.
Odpady kałowe ludzi i zwierząt są częstym źródłem zanieczyszczenia przez cryptosporidium, organizm jednokomórkowy. Osoba zakażona cryptosporidium może odczuwać takie objawy, jak biegunka, wymioty i skurcze. Nowoczesne techniki filtracji i uzdatniania wody filtrują około 99 procent tej bakterii z wody pitnej.
Można również znaleźć bakterie anabaena circinalis i salmonella enterica w wodzie wodociągowej, a także zarodniki pleśni Chaetomium i rhizopus stolonifer, które są bardziej znane jako czarna pleśń.
