Barwniki zasadowe są naładowane dodatnio i działają z ujemnie naładowanymi składnikami tkanek, podczas gdy kwasowe barwniki są naładowane ujemnie i zamiast tego działają z dodatnimi składnikami tkanek. Barwniki zasadowe są zbudowane z kationowych soli barwnych zasad i kwaśne sole składają się z soli kwasu siarkowego, fenolowego lub karboksylowego.
Barwniki kwasowe są częściej używane w laboratoriach jako kąpiel barwiąca i są skuteczne w barwieniu tekstyliów, ponieważ składają się z włókien białkowych. Barwniki te najlepiej wiążą się z włosami zwierząt, takimi jak wełna lub włosy alpaki. Barwniki zasadnicze działają lepiej w przypadku barwienia materiałów syntetycznych, takich jak nylon, poliester, modakryl i olefiny.
