Jedną z głównych różnic między protistami i bakteriami jest to, że protisty są organizmami eukariotycznymi, podczas gdy bakterie są prokariotami. Inną różnicą jest to, że protisty należą do królestwa Protista, podczas gdy bakterie są członkami królestwa Monera. Bakterie to jednokomórkowe organizmy, które nie zawierają organelli, takich jak jądro lub chloroplasty.
Protiści są również organizmami jednokomórkowymi, ale mają jądro i inne wewnątrzkomórkowe organelle. Przykładami protistów są ameba i paramecium.
Niektóre podobieństwa między tymi dwoma organizmami są takie, że obie mogą być organizmami jednokomórkowymi, które mogą albo pozostać w jednej pozycji, albo przejść przez struktury takie jak wici. Innym podobieństwem jest to, że członkowie każdego królestwa mogą być autotrofami lub heterotrofami. Autotrofy mogą wytwarzać pożywienie, podczas gdy heterotrofy nie mogą tego zrobić.
