Zalety klonowania roślin: reprodukują odporne na choroby rośliny, przyspieszają rozmnażanie w roślinach i rozmnażają rośliny o wysokiej wartości odżywczej. Wady klonowania roślin są następujące: są drogie, wymagają specjalnych umiejętności, reprodukują genetycznie identyczne rośliny, a rośliny rozmnażane przez klonowanie mają krótki czas życia.
Klonowanie roślin przyspiesza reprodukcję, ponieważ rośliny nie muszą przechodzić przez proces formowania się gamet, aby mogło dojść do zapłodnienia. Umożliwia również hodowcom uprawianie roślin odpornych na choroby, które minimalizują stosowanie pestycydów i herbicydów oraz minimalizują straty ekonomiczne w przypadku wybuchów epidemii. Rośliny produkowane poprzez klonowanie są ulepszone pod względem jakości i wartości odżywczej. Te rośliny są testowane w celu zachowania przydatnych cech między nimi, zapewniając, że ich wartość odżywcza jest utrzymywana i zwiększana w czasie.
Klonowanie roślin jest drogim procesem wymagającym wykwalifikowanej siły roboczej, nowoczesnej technologii, specjalistycznego sprzętu i unikatowych materiałów, takich jak hormony ukorzeniające, specjalne podłoża wzrostowe ułatwiające hodowlę tkanek i specyficzne podkładki do zastosowania w szczepieniu. Klonowanie powoduje również wytwarzanie roślin genetycznie identycznych, w związku z czym traci się różnorodność roślin, a w przypadku wybuchu epidemii wszystkie rośliny klonowane prawdopodobnie zostaną dotknięte. Rośliny reprodukowane podczas klonowania mają również krótszy okres życia w porównaniu do tych, które powstają w wyniku normalnego procesu zapłodnienia.
