Euglena wydala odpady w ten sam sposób, co inne pierwotniaki, poprzez worek z wakuolą, który może wchłonąć i wypchnąć wodę zawierającą substancje odżywcze lub produkty przemiany materii. Worek próżniowy powiększa się, gdy gromadzą się odpady. Te wakuole są rozładowywane tak często, jak co pół minuty.
Cytosol błony komórkowej eugleny sprawia, że są one zawsze hipertoniczne w stosunku do otaczającego środowiska wodnego. Umożliwia to swobodny przepływ wody przez błonę komórkową, ułatwiając wydalanie odpadów z wakuoli. Kurczące się wakuole składają się z dwóch podprzedziałów, z których każdy jest otoczony inną membraną. Jedna membrana jest podzielona na małe kanaliki i pęcherzyki zawierające enzymy translokujące protony, które umożliwiają aktywny transport składników do i poza pierwotniakiem. Ten aktywny transport obejmuje generowanie gradientu elektrochemicznego, chociaż enzymy membranowe, które wypompowują niepożądane składniki odpadów i pompują pożądane składniki odżywcze do pierwotniaka.
Druga membrana służy jako zamknięcie dla zbiornika, bez enzymów pierwszego. Ta druga membrana jest elastyczna, umożliwiając jej rozszerzanie w celu przechowywania nadmiaru płynu. Elastyczna membrana może łączyć się z zewnętrzną błoną plazmową otaczającą dwa pod-przedziały, aby wysunąć niepożądane produkty odpadowe. Oprócz wyrzucania produktów odpadowych, worek próżniowy jest odpowiedzialny za osmoregulację wnętrza eugleny wraz z otaczającym ją środowiskiem.
