FAD jest redukowany do FADH2 w mitochondriach podczas cyklu Krebsa, który jest również znany jako cykl kwasu cytrynowego lub cykl TCA. FADH2 jest zredukowaną formą FAD (dinukleotyd flawinadeninowy).
Cykl Krebsa jest istotną częścią tlenowego oddychania komórkowego. Oddychanie komórkowe obejmuje utlenianie żywności do dwutlenku węgla i wody w procesie wieloetapowym. Energia potencjalna uwalniana na każdym etapie oddychania jest magazynowana w postaci wiązań chemicznych w FADH2, NADH2 i ostatecznie ATP (trifosforan adenozyny). Cykl Krebsa składa się z szeregu ośmiu reakcji, w wyniku których powstają FADH2 i NADH, które służą jako paliwo do końcowego etapu oddychania, transportu elektronów. Po zakończeniu procesu oddychania, tlen jest wymagany do utlenienia NADH i FADH2 z powrotem do NAD i FAD, aby można je było ponownie wykorzystać w przyszłych cyklach Krebsa. Energia uwolniona z utleniania NADH i FADH2 jest wykorzystywana do tworzenia ATP, źródła energii dla komórek.
