Lista niepatogennych bakterii to zarys typów bakterii, które nie powodują chorób u ludzi. Należą do nich gronkowce, Lactobacillus, Escherichia coli, bifidobakterie, bakteroidy i Brevibacterium linens. Bakterie te odgrywają pozytywną rolę w funkcjonowaniu organizmu i dlatego są nieszkodliwe.
Według SFGate, gatunek Lactobacillus znajduje się w sfermentowanej żywności i innych powszechnych produktach spożywczych, takich jak mleko. Są także ważnymi częściami ludzkiej mikroflory pochwowej, jelitowej i jamy ustnej. Do najpowszechniejszych Lactobacillus należą L. plantarum, L. reuteri i L. acidophilus. Lactobacillus jest w stanie wytwarzać kwas mlekowy i wykorzystywać laktozę. To sprawia, że jest to ważne w procesach fermentacji żywności, takich jak produkcja jogurtu. Escherichia coli tworzy część normalnej flory w dużych i małych jelitach. Wspomaga trawienie poprzez rozkładanie niestrawionych cukrów. Wytwarza także biotynę i witaminę K, które są wykorzystywane w procesach komórkowych. Bacteroides znajduje się w jelitach. Zapobiega kolonizowaniu jelita chorobotwórczych jelit, rozkłada użyteczne składniki odżywcze i zużywa nieistotne składniki odżywcze. Niepatogenne Staphylococcus, takie jak Staphylococcus epidermis, tworzy część normalnej flory w skórze, gruczołach potowych i kanale słuchowym. Bifidobacteria tworzy część normalnej flory okrężnicy. Jest stosowany w procesach przemysłu spożywczego do produkcji produktów probiotycznych. Niektóre gatunki niepatogennych bakterii są stosowane w procesach terapeutycznych, takich jak leczenie alergii.
