Skaner jonowy jest również znany jako urządzenie do spektrometrii ruchliwości jonów i jest używany ze względów bezpieczeństwa do skanowania cząstek stałych i określania ich pochodzenia. Jest używany do wykrywania nielegalnych substancji i jest skuteczny narzędzie w walce z handlem narkotykami i innymi zagrożeniami.
Skanery jonowe wymagają programowania w celu wykrycia określonych substancji chemicznych, a także regularnej konserwacji w celu zachowania ich dokładności. Są tańsze niż alternatywy, które mają pełnić podobną funkcję i są łatwiejsze w użyciu. Eksperci z Departamentu Sprawiedliwości Stanów Zjednoczonych szacują, że szkolenie pracownika za pomocą skanera jonowego zajmuje tylko kilka godzin.
Inne niebezpieczne substancje, takie jak materiały wybuchowe, niebezpieczne chemikalia lub broń chemiczna mogą być również wykrywane przez skanery jonowe, dzięki czemu urządzenie ma szerokie zastosowanie w środowiskach wojskowych i badawczych. Spektrometria ruchliwości jonowej jest użyteczna w wykrywaniu i różnicowaniu różnych substancji gazowych, co nadaje jej miejsce w analityce. Urządzenia IMS są również używane w placówkach medycznych jako jedno z narzędzi do wykrywania problemów płuc u pacjenta, począwszy od odrzucenia po przeszczepie do sarkoidozy, a nawet raka płuc. Ta metoda wykrywania nazywana jest analizą gazów oddechowych.