Teoria endosymbiozy utrzymuje, że chloroplasty i mitochondria powstały w wyniku ewolucji niebiesko-zielonych alg i bakterii poprzez endocytozę. Endocytoza występuje, gdy substancja przechodzi do komórki przez błonę komórkową, a następnie do komórki plazma łączy się razem, aby utrzymać wewnątrz materiał wewnątrzkomórkowy pęcherzyk.
Teoria endosymbiozy może zostać uproszczona dla nie-naukowców i studentów nauk ścisłych, mówiąc, że istnieją dwie komórki prokariotyczne; jedna komórka zjadła drugą komórkę w celu utworzenia podwójnej błony. Dowody na tę teorię pokazują, że jest wysoce prawdopodobne, że chloroplasty i mitochondria były prymitywnymi komórkami bakterii w tym samym czasie.
Teoria opiera się na wiedzy, że zarówno chloroplasty, jak i mitochondria mają podobne cechy jak inne komórki bakteryjne. Oba mają własne DNA, które jest oddzielone od jądra DNA, i oba także produkują białka i enzymy w celu funkcjonowania. Aby jeszcze bardziej wspierać teorię, każdy z nich ma podwójną membranę.
Ważne jest, aby pamiętać, że teoria w dziedzinie naukowej jest czymś więcej niż tylko myślą i opiera się na przekonujących dowodach. Jest uważany za ustalone wyjaśnienie i jest weryfikowany przez społeczność naukową. Większość teorii jest zatem uznawana za faktografię w środowisku naukowym.