Koncepcja gatunku filogenetycznego definiuje gatunek jako grupę organizmów, które mają wspólnego przodka i można je odróżnić od innych organizmów, które nie dzielą tego przodka. Jako analogię, twierdzi koncepcja gatunku filogenetycznego że na drzewie życia gatunki są dalszymi gałązkami. Kontrastuje to z koncepcją gatunków biologicznych, która twierdzi, że organizmy należą do tego samego gatunku, jeśli potrafią się pomyślnie krzyżować.
Naukowcy nie opracowali jeszcze idealnej definicji terminu "gatunek". Koncepcja gatunku filogenetycznego jest jedną z proponowanych alternatyw dla obecnej koncepcji wyboru, koncepcji gatunku biologicznego. Podczas gdy koncepcja gatunków biologicznych ma sens, gdy próbujemy ustalić, że słonica i mysz są różnymi gatunkami, nie jest ona ważnym wskaźnikiem wśród wszystkich gatunków. Wiele gadów może z powodzeniem rozmnażać się z innymi grupami zwierząt, które są oczywiście różnymi gatunkami. W niektórych przypadkach węże wyhodowały wężami z innych rodzin.
Koncepcja gatunku filogenetycznego stawia relacje ewolucyjne w czołówce dyskusji i omija problemy związane z płodnością. Jednak koncepcja gatunków filogenetycznych zawodzi w innych obszarach. Na przykład gatunki pierścieni są kolekcjami zwierząt, które odeszły od siebie tak daleko, że nie są zdolne do krzyżowania się, ale wyraźnie mają wspólnego wspólnego przodka. To sprawia, że są gatunkiem filogenetycznym pojedynczego gatunku, mimo że reprezentują wyraźnie różne zwierzęta.
