W dziedzinie ekologii system naturalny to taki, który istnieje w naturze, niezależnie od jakiegokolwiek zaangażowania człowieka. Naturalny system składa się ze wszystkich fizycznych i biologicznych materiałów i ich splecionych procesów
Systemy ludzkie lub systemy społeczne istnieją na wiele sposobów i współdziałają z systemami naturalnymi. Naturalne systemy mogą być badane i wykorzystywane, a nawet powielane, jednak w tym przypadku stają się systemami sztucznymi. Podstawowe naturalne systemy pozostają niezmienione przez ludzkie próby powielania lub naśladowania.
Badanie systemów naturalnych jest ważne dla wielu dziedzin, a rolnictwo jest jednym z nich. Rolnictwo jest przykładem sztucznego (stworzonego przez człowieka) systemu wprowadzonego do istniejącego systemu naturalnego. Chociaż system rolniczy działa zgodnie z harmonogramem i procesami stworzonymi przez człowieka, to jednak wpływają na niego podstawowe procesy naturalne, takie jak pogoda, zdolność gleby do produkcji roślin, sposoby karmienia zwierząt gospodarskich i inne.
Badanie złożonych interakcji ludzkich społeczeństw i naturalnych systemów stało się coraz ważniejsze w XXI wieku. Dawniej obie dyscypliny socjologii (badania nad społeczeństwem ludzkim) i ekologii były formalnie rozdzielone, ale związki między działalnością człowieka a środowiskiem naturalnym mają kluczowe znaczenie dla rozwiązywania problemów środowiskowych.
