Archaebakterie są organizmami jednokomórkowymi, które są powszechnie spotykane w wysoce nieprzyjaznych miejscach z ekstremalnymi wahaniami temperatury lub w wodzie o wysokim poziomie zasadowym lub kwaśnym. Termin archaebacteria został szeroko porzucony w odniesieniu do wykorzystania archeonów , ponieważ są one własną klasą organizmu i nie są bakteriami.
Archaebakterie odkrył w latach 70. dr Carl Woese, który stwierdził, że nie można ich zaklasyfikować jako innych organizmów jednokomórkowych, takich jak eukariota lub eubakterie, z powodu różnic genetycznych i biochemicznych. Archaebakterie mają wysoce odporne błony komórkowe z cukrami i aminokwasami, które różnią się od tych zwykle występujących w błonach komórkowych bakterii. Archaebakterie są w stanie wytrzymać wpływy zewnętrzne, które mogą być śmiertelne dla bakterii, ze względu na strukturę chemiczną ich ścian komórkowych. Są bardzo zdolni do przetrwania w obszarach, gdzie inne organizmy nie mogą, np. W pobliżu podwodnych otworów geotermalnych lub w wodzie o wysokim zasoleniu, która w przeciwnym razie zabiłaby lub odstraszyła ryby i inne mikroorganizmy.
Archaebakterie znane jako metanogeny znajdują się w układach trawiennych kilku rodzajów ssaków, owadów i ryb i wytwarzają metan jako część procesu produkcji energii. Termofile są w stanie przetrwać w środowiskach o wysokiej temperaturze, podczas gdy psychofile przebywają w ekstremalnie niskich temperaturach. Halofilów można znaleźć w środowiskach o wysokiej zawartości soli. Archaebakterie występują również w bardziej gościnnych środowiskach, takich jak mokradła, gleby i wody oceanu.
