Glony i pierwotniaki są w tym samym królestwie, Protista, ponieważ początkowe stworzenie tego królestwa zostało dokonane na podstawie powierzchownego podobieństwa, a te eukariotyczne iw dużej mierze jednokomórkowe organizmy zdawały się przypominać bardziej niż jakiekolwiek inne inna grupa. Trzy główne grupy protistów - pierwotniaki, glony i śluzowce - nie są szczególnie blisko spokrewnione. Drożdże, mimo iż są jednokomórkowymi eukariotami, są klasyfikowane jako grzyby, a nie protisty.
Protista jest naprawdę królestwem organizmów, które nie mieszczą się w żadnym z innych ustanowionych królestw. Chociaż jego ogólny charakter stanowią organizmy jednokomórkowe z jądrem, obejmuje wiele gatunków wielokomórkowych, w szczególności glonów. Szlamowe formy, inna niezwiązana z nimi grupa, czasami rosną jako olbrzymie, makroskopowe pojedyncze komórki z milionami jąder, zgodnie z Intermountain Herbarium w Utah State Univerisity. Protiści są definiowani bardziej przez to, czym nie są, a przez to, kim są, a ta definicja jest kontrowersyjna.
Klasyfikacja glonów jest szczególnie dyskusyjna. Glony obejmują większość fotosyntetycznych protistów, ale niektóre grupy, takie jak dinoflagellates, są w rzeczywistości bardziej spokrewnione z pierwotniakami niż glony, takie jak wodorosty. Co więcej, rozróżnienie między wieloma typami glonów, w szczególności wielokomórkowymi algami i roślinami, nie jest bardzo dobrze zdefiniowane, a niektórzy naukowcy proponują, że należy je zgrupować razem z innymi pierwotniakami.
