Pingwiny są zagrożone z powodu operacji połowowych na dużą skalę, które zmniejszają ich zapasy żywności, kłusowników, którzy kradną jajka i zabijają dorosłych za ich ropę, oraz wycieki ropy, które zanieczyszczają ich środowisko i zabijają tysiące pingwinów naraz. Populacje pingwinów są również zagrożone zmianami klimatycznymi, ponieważ lód morski topi się, usuwając obszary żerowania i lęgowiska.
Zmiana klimatu jest największym zagrożeniem dla przetrwania pingwinów i najtrudniej jest im przeciwdziałać; pingwiny są chronione przed krzywdą zgodnie z Ustawą o zagrożonych gatunkach z 1973 roku i są ratowane przez grupy środowiskowe podczas wycieków ropy, ale ich malejące siedlisko i kurczące się zapasy żywności utrudniają ich rozmnażanie się lub prosperowanie. Nawet pingwiny poza Antarktyką są zagrożone przez zmiany klimatyczne. Pingwin afrykański ucztuje na sardynkach i sardelach, które podążają za prądami z małych wysp, ale zmiany klimatyczne powodują, że strumienie oddalają się od domów pingwinów i poza ich terytorium.
Pingwiny są również zagrożone przez komercyjne wyprawy wędkarskie. Podczas gdy niektórzy rybacy uczestniczą w działaniach ochronnych i pielęgnują wszelkie ranne zwierzęta do życia, pingwiny wciąż muszą konkurować z ludźmi o pożywienie. Pingwiny spotykają się także z zagrożeniami ze strony naturalnych drapieżników: rekinów, orków, lwów morskich i lampartów.
