Mikroskopy są używane na różnych polach do oglądania obiektów lub organizmów, które nie są widoczne gołym okiem. Urządzenia te są przydatne w biologii i medycynie do badania lub analizy próbek, takich jak bakterie, komórki i tkanki ciała. Niektóre inne zastosowania mikroskopów obejmują badania na miejscu przestępstwa, próbki mineralne i materiały chemiczne.
Na miejscu zbrodni naukowcy kryminalistyki zbierają dowody, takie jak kulki, do zbadania pod mikroskopem porównawczym. W geologii próbki minerałów i skał można badać pod mikroskopem, aby zbadać ich skład. W chemii różne materiały, takie jak metale i struktura atomowa pierwiastków.
Istnieją różne rodzaje mikroskopów używanych w nauce, w tym złożone, rozbiórkowe, skaningowe elektronowe i transmisyjne mikroskopy elektronowe. Obrazy mogą być dwu- lub trójwymiarowe w zależności od mikroskopów. Podobnie, powiększenie zmienia się w zależności od różnych mikroskopów. Na przykład transmisyjny mikroskop elektronowy przedstawia obrazy w 2D i ma zarówno duże powiększenie, jak i rozdzielczość.