Mikroskopy są obecnie używane w różnych dyscyplinach, dziedzinach i kontekstach. Na przykład, biolodzy używają mikroskopów do badania drobnych organizmów, takich jak bakterie i algi. Lekarze i pracownicy laboratoriów często używają mikroskopów do badania próbek biologicznych pasożytów.
Dzięki postępowi w technologii mikroskopu, współcześni naukowcy są w stanie zaobserwować wiele małych obiektów i zjawisk. Na przykład lekarze mogą być świadkami transmisji impulsów nerwowych w próbce komórek mózgowych. Lekarze mogą nawet oglądać komórki wytwarzające swoje produkty, na przykład gdy komórka trzustki wydziela insulinę.
Mikroskopy są również używane do badania drobnych detali obiektów, które są wystarczająco duże, aby go zobaczyć gołym okiem. Badacze kryminalni, na przykład, używają mikroskopów do badania zebranych dowodów. Na przykład, oglądając włosy w dużym powiększeniu, badacze mogą ustalić, czy włosy zostały wywiezione siłą, czy wypadły same.
Oprócz stosowania konwencjonalnych mikroskopów opartych na świetle wielu naukowców używa mikroskopów elektronowych do badania obiektów, które są zbyt małe, aby można je było zobaczyć w inny sposób. Mikroskopy elektronowe nie wymagają światła do oglądania. Odbijają wiązkę elektronów od obiektów, aby określić ich kształt, a nie promienie światła. Mikroskopy elektronowe są niezbędne do wizualizacji obiektów takich jak wirusy.
