Mikroskop złożony może być użyty do obserwacji lub analizy mikroskopijnych obiektów lub organizmów, które w przeciwnym razie mogą być zbyt małe, aby gołe oko mogło dokładnie obserwować. Mikroskopy złożone różnią się od zwykłych mikroskopów świetlnych i stereoskopów w ich projekt i ogólna funkcja.
Podczas gdy zwykłe mikroskopy świetlne zawierają jedną soczewkę, która powiększa mikroskopijny obiekt lub organizm do około 25 razy, mikroskop złożony wykorzystuje dwie soczewki. Światło przechodzi przez mikroskopijny obiekt lub organizm, aby rzutować obraz w pierwszej soczewce, zwanej soczewką obiektywu. Ten powiększony pierwotny obraz jest następnie powiększany, gdy przechodzi przez drugą soczewkę, znaną jako soczewka oka. Powiększenie mikroskopijnego obiektu lub organizmu jest różne. Aby określić całkowite powiększenie, powiększenie obiektywu jest mnożone przez powiększenie soczewki oka.
Większość mikroskopów złożonych ma wiele soczewek okularowych, każda z różnymi mocami powiększenia, które można obracać, aby zmienić całkowite powiększenie mikroskopijnego obiektu lub organizmu. Mikroskop złożony jest przydatny do badania lub analizowania mikroskopijnych obiektów lub organizmów, które są zbyt małe, aby zwykły mikroskop świetlny mógł się powiększać lub był zbyt mały, aby powiększać stereoskopowy mikroskop, który ma tendencję do powiększania nie więcej niż 50 razy. Jednak obiekty lub organizm, które są zbyt duże, mogą nie działać dobrze z mikroskopami złożonymi i są bardziej odpowiednie dla zwykłych mikroskopów świetlnych lub mikroskopów stereoskopowych.