Trawienie lipidów rozpoczyna się w jamie ustnej, gdzie enzym zwany lipazą językową zaczyna emulgować lub rozdzielać tłuszcze. Lingwalna lipaza jest składnikiem śliny i jest uwalniana przez gruczoły ślinowe. Ponieważ lipidy nie są rozpuszczalne w wodzie, muszą zostać rozbite, zanim zostaną strawione i wchłonięte przez organizm.
Po połknięciu pokarmu enzymy lipazy żołądkowej w żołądku pracują z ruchem przewodu pokarmowego, aby dodatkowo zemulgować tłuszcz. Sole żółciowe z wątroby zapobiegają przegrupowaniu tych zemulgowanych kropli i powracają do poprzedniego, mniej strawnego stanu.
Po zakończeniu procesu trawienia w jelicie cienkim sole kwasów żółciowych i enzymy trzustkowe zostają pokryte białkami rozpuszczalnymi w wodzie i wchłaniane przez wyściółkę jelitową. Cholesterol, hormon wytwarzany przez wątrobę, przenosi te kwasy tłuszczowe z jelit do innych komórek organizmu. Stamtąd wchodzą do krwioobiegu i są zintegrowane z tkankami organizmu.
Enzymy trawiące lipidy znajdują się również poza układem trawiennym. W ludzkim ciele komórki zawierają organelle lipazy, zwane lizosomami, które trawią własne lipidy organizmu w ramach cyklu komórkowego. Lipazy pochodzenia zwierzęcego są wykorzystywane przemysłowo do wytwarzania paliw na bazie oleju roślinnego i fermentowania sera i jogurtu. Lipazy są również obecne w jadach kobr i pszczół.
