Element to opis typu atomu, więc pojedynczy atom jest reprezentatywny dla elementu, ale nie sam element. "Atom" odnosi się do jednostki fizycznej; "element" odnosi się do typu atomu.
Atomy są definiowane przez liczbę protonów, które zawierają w swoich jądrach. Pierwiastek wodoru odnosi się do atomów zawierających pojedynczy proton, podczas gdy atomy helu zawierają dwa. Izotop jest definiowany przez liczbę neutronów w jądrze, a cząsteczki są opisywane przez zawarte w nich atomy. Na przykład woda zawiera jeden atom tlenu i dwa atomy wodoru, więc jego nazwa naukowa to tlenek diwodorotlenku.
