Trudno jest określić dokładną liczbę pozostawionych na świecie lemurów, ponieważ ciągle odkrywane są nowe gatunki. Jednak większość gatunków uważa się za zagrożone i krytycznie zagrożone, a jeden gatunek bliski jest wyginięciu.
Lemury są jednymi z najbardziej zagrożonych gatunków ssaków na świecie, według przeglądu przeprowadzonego przez Komisję Międzynarodowej Unii Ochrony Przyrody Naturalnej w 2012 roku. Jeden gatunek, północny lemur sportowy, jest tak bliski wyginięcia, że tylko 18 osób pozostaje na wolności. Spośród 103 znanych gatunków lemurów na świecie 93 stoi na pewnym poziomie zagrożenia. Spośród tych 93 zagrożonych gatunków, 19 jest wymienionych jako "wrażliwe", 52 są klasyfikowane jako "zagrożone", a 23 są określane jako "zagrożone krytycznie", co oznacza, że są szczególnie narażone na wyginięcie. Tylko trzy gatunki nie są uznawane za zagrożone.
W 2005 r. 41 gatunków lemurów uznano za "wrażliwe", "zagrożone" lub "zagrożone krytycznie". Znaczny wzrost liczby w 2012 r. Wynika z dwóch ważnych czynników: zwiększonego poziomu zagrożeń i odkrycia kilku nowych gatunków lemurów.
Największym zagrożeniem dla lemurów jest niszczenie siedlisk. Ich siedlisko ogranicza się do wyspy Madagaskar. Lasy deszczowe, w których żyją, są zagrożone przez nielegalne pozyskiwanie drewna, nielegalne wydobycie i problemy polityczne. Lemury również stają w obliczu zagrożeń ze strony kłusowników.
Chociaż wiele gatunków napotyka poważne zagrożenia, niektóre gatunki doświadczyły wyzdrowienia. Na przykład większa populacja lemura bambusowego wzrosła z 100 osobników do 500 osobników.
