Istnieje wiele sposobów liczenia kolonii bakterii rosnących na płytce Petriego, od prostego liczenia ręcznego, aż po złożone maszyny zaprojektowane do elektronicznego pomiaru wzrostu kolonii . W zależności od tego, ile szalek Petriego trzeba policzyć, a także od czasu pomiaru, różni użytkownicy mogą korzystać z różnych metod liczenia.
Liczenie ręczne jest odpowiednie dla większości ustawień laboratoryjnych, ponieważ jedynym wymaganym zasobem jest czas. Jest to zarówno ekonomiczne, jak i łatwe; każdy zdolny do zliczania i rejestrowania plam obserwowanych na płytce Petriego jest w stanie zliczać kolonie za pomocą tej metody. Istnieje kilka prostych narzędzi, w tym znaczniki i liczniki obsługiwane za pomocą ręcznych kliknięć, które mogą pomóc w procesie nagrywania. Minusem ręcznego liczenia jest to, że jest czasochłonne i może być podatne na błędy ludzkie.
Istnieją maszyny zaprojektowane specjalnie do pomiaru liczby kolonii obecnych na szalce Petriego. Maszyny te dostarczają użytkownikom dane wyjściowe zawierające liczby i wzrosty w określonym okresie czasu. Używanie maszyn liczących jest pomocne w środowisku laboratoryjnym, gdzie czas spędzany jest lepiej w czynnościach innych niż ręczne liczenie, a dokładność ma ogromne znaczenie. Wady korzystania z maszyn liczących obejmują koszty i potencjalnie ograniczoną funkcjonalność urządzenia, wykraczającą poza proste obliczenia.
