Celem kanalika malpighiego jest wchłanianie i wydalanie odpadów metabolicznych, które tworzą mocz w stawonogach. Aktywnie pochłaniają wodę, rozpuszczone substancje i odpady z otaczających płynów ustrojowych, które mają być uwalniane jako stałe związki na bazie azotu.
Kanały malpighian bardzo łatwo absorbują mocznik i aminokwasy, ale jony takie jak potas i sód są aktywnie przepompowywane przez ich błony. Kanaliki przenoszą te odpady do odbytu, gdzie woda i jony są ponownie wchłaniane, a mocznik jest mieszany z kałem, który ma być wydalony przez odbyt. Różne gatunki mają wyspecjalizowane cele dla kanalików malpighijskich wykraczających poza te podstawowe funkcje. Nowozelandzkie jaszczurki mają zmodyfikowane kanaliki, które generują światło, aby przyciągnąć ofiarę do ich lepkich linii pułapek, które zwisają z sufitów jaskiniowych. Inne owady, które jedzą toksyczne rośliny, mają specjalne mechanizmy, które szybko wydalają toksyny przez kanaliki.
Kanaliki Malpighian są cienkimi rurkami ze ścianami złożonymi z pojedynczej warstwy komórek. Większość z nich ma bardzo zawiłe kształty i kąpała się w hemolimfie, czyli stawonogowym odpowiedniku krwi i limfy, przez większą część ich długości. Są wzmocnione białkami i mają struktury, które pomagają odepchnąć wszelkie odpady. Większość stawonogów ma mięśnie, które poruszają kanaliki wokół, chociaż niektóre gatunki nie mają tych mięśni, a inne zupełnie nie mają kanalików.
