Środek atomu nazywany jest jądrem atomu. Ta struktura składa się zwykle z protonów i neutronów, chociaż niektóre atomy wodoru mają tylko protony.
Inną główną częścią atomu jest chmura elektronowa, która unosi się wokół jądra. Chociaż jądro zajmuje tylko około trylionowej części przestrzeni atomowej, stanowi 99,9 procent masy atomowej. Protony i neutrony w jądrze atomu są utrzymywane razem przez resztkową silną siłę, która jest również nazywana siłą jądrową. Ta siła jest ponad 1000 razy silniejsza niż grawitacja, ale działa tylko w jądrze atomu.