Przykłady fakultatywnych bakterii beztlenowych obejmują salmonellę i E. coli. Fakultatywne bakterie beztlenowe należą do rodziny taksonomicznych Enterobacteriaceae, Vibrionaceae i Pasteurellaceae. Wiele gatunków w tych rodzinach jest patogenami u ludzi, innych zwierząt lub roślin.
Fakultatywne bakterie beztlenowe są w stanie zarówno oddychać tlenowo, jak i fermentować lub oddychać beztlenowo. Wiele organizmów poza bakteriami to beztlenowce fakultatywne i obejmują niektóre grzyby i robaki polychaete. Fizyczne beztlenowe bakterie są wszechobecne w glebie, wodzie i organizmach. Nie wszystkie gatunki powodują chorobę, ale są częścią normalnej flory jelitowej zwierząt. Niektóre gatunki, takie jak E. coli, są często nieszkodliwe.
Enterobacteriaceae to rodzina zawierająca powszechnie występujące bakterie przenoszone przez żywność, salmonellę i E. coli, a także wiele innych grup niebezpiecznych patogenów. Gatunki Vibrionaceae obejmują vibrio cholera, śmiertelną chorobę rozprzestrzeniającą się przez ścieki i skażoną żywność. Gatunek ten powoduje uwalnianie dużych ilości wody do jelit, co prowadzi do szybkiego odwodnienia. Vibrionaceae zawiera także photobacterium, grupę, która wytwarza światło i można ją znaleźć w organach produkujących światło niektórych ryb głębinowych. Pasteurellaceae obejmuje gatunki pastuerella, które są powszechnymi patogenami zwierząt domowych, a także hemofilię, które są powszechne w górnych drogach oddechowych i wymagają przetrwania składnika hemoglobiny.
